Ai Nonaka

Lise öğrencisi Seiya Kanie’nin, gizemli yeni öğrenci Isuzu Sento tarafından bir eğlence parkına götürülmesiyle olaylar başlar. Tokyo’nun batısındaki bu Amagi Brilliant Park isimli yer, oldukça eski ve terk edilmiştir. Seiya’ya iki hafta içerisinde park 100.000 ziyaretçi almazsa, parkın acilen kapatılacağı söylenir. Seiya artık parkın kurtarılmasında görev almak zorunda kalacaktır.

Nükleer savaşın serpintisinde, insanlığın sonuncusu, Dolls olarak bilinen canlı benzeri androidlerin yardımıyla hayatta kalır. Hizmet etmek için inşa edildi, bazıları savaşlarda Taktik Bebekler veya T-Bebekler olarak savaşır. Şimdi, T-Bebeklerden oluşan seçkin bir ekip, yeni bir haydut tehdidi olan Sangvis Ferri ile yüzleşmek üzere gönderilir. Onları savaşa yönlendiren yeni insan komutanları M4A1'dir.

Çaresiz öğretmen Nozomu Itoshiki ve onun akıl hastası öğrencilerden oluşan sınıfının devam eden maceraları.

Orta son öğrencisi Mei Misaki,zeki ve güzel bir kızdır. Parmakla gösterilen bu kız mezun olmadan önce bir kazada ölür Ancak tüm okul o ölmemiş gibi davranıyordur. bu olaydan 26 yıl sonra transfer ile gelen gözü bantlı bir kız gelir esrarengiz olan bu kızla kimse konuşmaz adeta kaçar. Bu kız okuldaki gerçekleşecek gizemli bir olayı biliyordur

Hikâye, İsa’nın kâsesinin, Fuyuki’de Üçüncü Kutsal Kadeh Savaşı’ndan sonra gizemli bir şekilde kaybolduğu paralel evrende geçer. Yıllar süren barış, Beşinci Kutsal Kâse Savaşı’na yakın zamanda, bir rahip ailesi olan Yggdmillennia, kâsenin asıl sahibi olduğu için Büyücü Birliği’nden ayrıldığını açıkça beyan etmesiyle sonlanır. Birlik, kâseyi geri almak için elli tane rahip yollar, bunların arasından sadece bir tanesi Gizemli Hizmetçi tarafından katledilmez. Hayatta kalan rahip, 14 tane Hizmetçi çağrılmasını sağlayan Kutsal Kâse’nin rezerv sistemini aktif etmeye çalışır. Trifas şehrinde, iki grup da yedi Hizmetçi’yle kutsal emanetin kontrolünü ele geçirmek için savaşırlar.